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Die wichtigsten Techniken sind auf molekulare Modelle der dreidimensionalen chemischen Struktur. Diese werden eingesetzt, um die Funktionen von Proteinen und anderen biologischen Makromolekülen Sonde, die Wechselwirkungen dieser Systeme mit potenziellen Drogenkonsumenten Moleküle zu analysieren und zu identifizieren und zu optimieren Lead-Kandidaten aus den Reihen dieser Modelle. Eine extrem breite Palette von Werkzeugen und Methoden ermöglicht, diese Arbeit in DS1.5. Funktionalität in Discovery Studio kann locker in den folgenden Kategorien: Visualisierung, Protein Modellierung, Simulation, Analyse und Rezeptor-Ligand-Interaktionen zusammengefasst werden.
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